หลังจากเสร็จสิ้นสงครามพระมหาธรรมราชาได้ปราบดาภิเษกขึ้นเป็นพระมหากษัตริย์แห่งกรุงศรีอยุธยามีพระนามว่าสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชปกครองกรุงศรีอยุธยาสืบต่อมา ต่อมาพระเจ้าบุเรงนองได้ส่งพระนเรศวรกลับคืนกรุงศรีอยุธยาหลังจากที่พระองค์ได้อยู่ที่กรุงหงสาวดีเป็นเวลา 6 ปีสมเด็จพระมหาธรรมราชาโปรดเกล้า ฯให้มีพระราชพิธีสถาปนาพระนเรศวรขึ้นเป็นพระมหาอุปราชและส่งไปครองเมืองพิษณุโลก และระหว่างที่สมเด็จพระนเรศวรประทับอยู่ที่เมืองพิษณุโลกพระองค์ทรงฝึกฝนไพร่พลให้เข้มแข็งในการศึกสงครามเพื่อเตรียมประกาศเอกราช 
        ในปี พ.ศ. 2126  พระเจ้านันทบุเรงกษัตริย์พม่าซึ่งเป็นพระราชโอรสพระเจ้าบุเรงนอง ได้มีคำสั่งให้ทางกรุงศรีอยุธยาซึ่งอยู่ในฐานะเมืองประเทศราชส่งกองทัพไปช่วยปราบปรามเมืองอังวะที่ไม่ยอมอ่อนน้อมต่อหงสาวดีโดยให้ไปสมทบกับกองทัพของเมืองอื่นที่เมืองแครงสมเด็จพระมหาธรรมราชาโปรดเกล้าให้สมเด็จพะนเรศวรเป็นผู้นำกองทัพไปสมเด็จพระนเรศวรเป็นผู้ที่มีความสามารถในการรบ ทำให้ฝ่ายพม่าหวาดระแวงว่ากรุงศรีอยุธยาจะแข็งเมืองจึงหาทางกำจัดพระนเรศวรแต่พระองค์ทรงทราบแผนการนี้ก่อนจากพระยาเกียรติ์และพระยารามซึ่งเป็นขุนนางชาวมอญ  สมเด็จพระนเรศวรจึงทรงประกาศอิสรภาพที่เมืองแครงไม่ยอมเป็นเมืองขึ้นของกรุงหงสาวดีอีกต่อไป 
        หลังจากนั้นได้กวาดต้อนผู้คนกลับกรุงศรีอยุธยาเมื่อสมเด็จพระนเรศวรประกาศอิสรภาพที่เมืองแครงแล้ว  พระองค์ได้นำชาวมอญที่เมืองแครงกลับกรุงศรีอยุธยาด้วย  ระหว่างเดินทัพกลับฝ่ายพม่าได้ส่งกองทัพติดตามมาทันกันที่แม่น้ำสะโตงสมเด็จพระนเรศวรทรงใช้พระแสงปืนยาว 9 คืบ ยิงข้ามแม่น้ำสะโตงไปถูกสุรกรรมาแม่ทัพพม่าตายคาคอช้างทำให้ทัพพม่าต้องถอยทัพกลับไปพระแสงปืนที่สมเด็จพระนเรศวรทรงใช้ยิงในครั้งนั้น  เรียกว่า "พระแสงปืนข้ามแม่น้ำสะโตง" หลังจากนั้นพม่ายกทัพใหญ่เข้ามารุกรานไทยอีกหลายครั้งเพื่อจะปราบปรามกรุงศรีอยุธยา แต่ก็ถูกสมเด็จพระนเรศวรตีทัพพ่ายแพ้กลับไปทุกครั้ง  
จนกระทั่ง พ.ศ. 2135 พระมหาอุปราชาได้ยกกองทัพพม่ามุ่งหวังมายึดกรุงศรีอยุธยาคืนให้ได้การทำสงครามในครั้งนี้ได้ทรงกระทำยุทธหัตถี(การต่อสู้กันด้วยอาวุธบนหลังช้าง) กับสมเด็จพระนเรศวรแต่พระมหาอุปราชาพลาดท่าเสียทีถูกสมเด็จพระนเรศวรฟันด้วยพระแสงของ้าวจนสิ้นพระชนม์บนคอช้างทำให้พม่าต้องถอยทัพกลับไป
       จากเหตุการณ์ในครั้งนี้ ทำให้พม่าไม่ได้ยกทัพมาโจมตีกรุงศรีอยุธยาอีกเป็นเวลานานและทำให้หัวเมืองต่างๆพากันเกรงขามในความสามารถของสมเด็จพระนเรศวรและยอมกลับมาอ่อนน้อมต่อกรุงศรีอยุธยาอีกครั้ง  จึงทำให้คนไทยได้อยู่อาศัยอย่างสงบสุขและปลอดภัยจากการรุกรานของศัตรูภายนอกติดต่อกันนานถึง 150 ปี